İlçede ekonomik hayat geniş ölçüde tarıma dayalı olmakla birlikte, son yıllarda sanayide de önemli ölçüde ilerlemeler kaydedilmiştir. Kelkit ırmağının suladığı Niksar ovası tümüyle tarıma ayrılmıştır. Ayrıca Karadeniz ile İç Anadolu arasında bir geçit bölgesinde yer alan ilçede iklim şartları da tarımsal üretime elverişli bir ortam yaratır. Ekime elverişli alanların % 37,8 gibi büyük bir bölümünde tahıl üretimi yapılmaktadır. İlçede tahıl üretimi yapılan alanları sırasıyla meyvelikler, endüstri bitkileri, sebzelikler ve baklagil üretimi yapılan alanlar izlemektedir. İlçede yetiştirilen başlıca tahıllar; buğday, arpa ve mısırdır. Bunun yanında şekerpancarı, tütün, ayçiçeği, patates ve mahlep gibi sanayiye hammadde olan ürünlerde üretilmektedir. İlçede en çok yetiştirilen meyveler; üzüm, elma, kiraz, şeftali ve cevizdir. Cevizin Niksar’da önemli bir yeri vardır. İlçe ekonomisine büyük bir katkı sağlayan ceviz, kırım atölyelerinde içleri çıkarıldıktan sonra genellikle yurtdışına satılmaktadır. Niksar orman varlığı açısından Tokat’ın en önemli ilçesidir. Tokat’taki ormanların % 48,9’u Niksar ilçesi sınırları içerisinde kalır. Niksar’da büyük ölçüde kavak üreticiliği de yapılmaktadır. Çamiçi Yaylası ile yayla turizminin önemli merkezlerinden biri olma yolunda ilerleyen Niksar geçimşte düzenlemiş olduğu Yayla Şenlikleriyle bu konuda önemli adımlar atmıştır. Önceleri daha çok tarıma ve küçük sanayiye dayanan sanayi yapısı günümüzde büyük ölçüde gelişme göstermiş, başta gıda, konfeksiyon, dokuma ve ağaç işleme sanayiinde birçok işyeri kurularak önemli ölçüde istihdam sağlayan teşebbüsler haline gelmiştir. Dünyanın en yumuşak ve içimi en leziz olan Niksar Ayvaz Suyu Dolum tesislerinde şişelenen sular yurdun her bölgesine dağıtılmaktadır.